Στην επιστολή του αποδίδει στην επικεφαλής του κόμματος, Μαρία Καρυστιανού, την κύρια πολιτική ευθύνη για τη διαμόρφωση της δομής και της λειτουργίας του φορέα, κάνοντας λόγο για συγκεντρωτικό μοντέλο λήψης αποφάσεων και απουσία θεσμικών διαδικασιών.
Ο ίδιος υποστηρίζει ότι το εγχείρημα έχει απομακρυνθεί από τον χαρακτήρα ενός κινήματος πολιτών και κάνει λόγο για λειτουργίες που θυμίζουν «αυλές» και εσωτερικές ισορροπίες, αντί για συλλογική δράση.
Παρά την αποχώρησή του, ο Βασίλης Κοκοτσάκης διευκρινίζει ότι θα συνεχίσει το επιστημονικό του έργο για την υπόθεση των Τεμπών μαζί με την τεχνική του ομάδα, τονίζοντας ότι παραμένει προσηλωμένος στην αναζήτηση της αλήθειας και στη μνήμη των θυμάτων.
